| 昭和46年4月 |
国立療養所別府荘 、光の園、石垣原病院が統合
石垣原病院の地（現在地）にて国立療養所西別府病院として発足 |
| 平成12年3月 |
結核病床△１５０床削減（300床 → 150床） |
| 平成13年4月 |
森 照明 院長就任 |
| 平成13年9月 |
おおいた神経難病総合センター開設 |
| 平成14年6月 |
おおいたこども発達障害センター開設 |
| 平成15年3月 |
結核病床△５０床削減（150床 → 100床） |
| 平成16年4月 |
国立病院機構発足（独立行政法人に移行） |
| 平成18年10月 |
障害者自立支援法施行に伴い、筋ジス病棟が療養介護病棟に移行 |
| 平成20年10月 |
菊池 博 院長就任 |
| 平成22年8月 |
スポーツ医学センター開設 |
| 平成24年4月 |
九州リンパ浮腫センター開設 |
| 平成24年8月 |
結核病床△５０床削減（100床 → 50床） |
| 平成25年2月 |
東病棟（障害者病棟）完成 ･･･ ５階建て（250床） |
| 平成25年4月 |
大分県重症難病患者医療ネットワーク拠点病院（指定） |
| 平成25年5月 |
療育支援棟完成 |
| 平成25年7月 |
心臓リハビリ開設 |
| 平成27年4月 |
後藤 一也 院長就任 |
| 平成29年1月 |
一般病床変更
中２病棟：50床→46床
東３病棟（重心）50床→52床／東４病棟（重心）50床→52床 |
| 令和元年10月 |
大分県難病診療分野別拠点病院（神経・筋疾患） |
| 令和元年12月 |
多機能型事業所「ひだまり」運用開始 |
| 令和2年4月 |
結核診療支援センター事業開始 |
| 令和4年3月 |
新病棟開棟式（R4.3.28） |
| 令和4年4月 |
病棟再編後（一般294床、結核12床）※一般休床病床34床含む |
| 令和6年3月 |
東1病棟改修整備（結核モデル病床）完成 |
| 令和6年4月 |
病棟再編後（一般294床、結核10床）※一般休床病床33床含む |
| 令和6年10月 |
末延 聡一 院長就任 |
| 令和7年4月 |
佐々木 淳 副院長、今井 一秀 統括診療部長 就任 |
| 令和8年3月 |
大分県働きたい医療機関（大分ホスピレート）認証 |
